En los años 80, Cuba tenía 127 buques con bandera cubana en la Empresa de Navegación Mambisa. En el 1998 quedaban ya 101 buques con un millón de toneladas de peso muerto de capacidad. El último año que la ONEI ofrece estadísticas es el 2008, cuando había 27 buques pero ya no presenta datos acerca de la capacidad de la flota para este año. El sitio lacuadernacubana.com presenta muchos detalles sobre la marina mercante cubana.
Fuente: ONEI
En el 2009 la Empresa Importadora General del Transporte (EIGT), miembro del Grupo Acemex compró 10 buques de 34 900 toneladas de pesos muerto cada uno a China National Machinery Import & Export Corporation. Todos los buques navegan con bandera de Panamá. El contrato fue financiado por el banco chino Eximbank. La ONEI no incluye a estos buques en sus estadísticas.
A continuación presentamos el nombre de estos buques con sus datos de registro. En el sitio www.vesselfinder.com se puede ver la localización exacta de cada buque en cada momento.
| IMO | MMSI | Bandera | Año de construcción | |
| “ABDALA” | 9571040 | 370533000 | Panamá | 2011 |
| “LEONOR” | 9571571 | 357775000 | Panamá | 2011 |
| “MANUELA” | 9571583 | 373573000 | Panamá | 2012 |
| “MARIANA” | 9571595 | 373923000 | Panamá | 2012 |
| “CELIA” | 9571600 | 372375000 | Panamá | 2013 |
| “LIDIA”, | 9571624 | 372811000 | Panamá | 2013 |
| “CLODOMIRA”, | 9571648 | 354463000 | Panamá | 2013 |
| “HAYDEE” | 9571612 | 355146000 | Panamá | 2013 |
| “GERTRUDIS” | 9571636 | 351210000 | Panamá | 2013 |
| “JOSEFA”, | 9571650 | 356312000 | Panamá | 2013 |
Fuente: Vesselfinder.
Por otra parte, el gobierno funda la naviera MELFI en el año 1981, con el objetivo de evitar las restricciones norteamericanas. Esta corporación es subsidiaria de la corporación CIMEX, tiene sede en Panamá y desde el 2004 es la principal transportadora de contenedores a Cuba.
A partir del 2003 presta un servicio regular desde los puertos de Cuba y Portugal, Italia, España y Canadá. Otra línea une los puertos de Cuba, México, Costa Rica, República Dominicana, Colombia, Venezuela, Nicaragua y Panamá. Melfi tiene representaciones en todos estos países.
Melfi posee los siguientes buques:
| Año de Construcción | Bandera | IMO No. | Capacidad nominal | |
| HANSA BERLIN | 1993 | Liberia | 8910081 | 1016 |
| BERULAN | 1995 | Ant.& Barbudas | 9106455 | 907 |
| TEVAL | 1994 | Maltese | 9081734 | 1388 |
| RENATE SCHULTE | 1994 | Alemania | 9057147 | 1354 |
| MARWAN | 1994 | Malta | 9070008 | 1388 |
| ATLANTIC HAWK | 2003 | Bahamas | 9272670 | 511 |
Fuente: Melfimarine
Han ocurrido varios incidentes en los últimos años que demuestran el uso de buques con bandera extranjera para el transporte ilegal de mercancías.
Por ejemplo, el 12 de agosto del año 2011, las autoridades mexicanas encontraron media tonelada de cocaína en el buque Hansa Berlín que provenía de Lima, Perú. El buque norcoreano Chong Chon Gang fue detenido en el canal de Panamá en el 2013 al no declarar un cargamento de armamento cubano con destino a Corea del Norte. El buque chino Da Dan Xian fue detenido a principios de febrero del 2015 en Cartagena al no declarar un cargamento 100 toneladas de pólvora, 2 640 000 fulminantes, 99 núcleos de proyectil y cerca de 3 000 casquillos para construir cañones de artillería con destino a Cuba. El buque fue autorizado a continuar su viaje al puerto del Mariel, pero capitán quedo detenido en Colombia.
